John Malkovich stopte vroegtijdig met school waarna hij verschillende baantjes had zoals schoolbuschauffeur en schilder. In 1976 voegde hij zich bij een theatergezelschap in Chigaco. Nadat hij in het stuk
Death of a Salesman (1984) een rol had naast
Dustin Hoffman en een Emmy Award won, brak hij door als filmacteur.
Malkovich speele o.a. in
Dangerous Liaisons (1988),
Con Air (1997) en
Shadow of the Vampire (2000). In 1999 kwam de film
Being John Malkovich uit, waarin zijn persoon in het plot verwerkt zat.
In 2006 speelde John Malkovich de rol van King Galbatorix in
Eragon (2006).
Trivia
Heeft Kroatische voorouders.
Had een korte relatie met
Michelle Pfeiffer.