Voor Jennifer Garner doorbrak op het witte doek heeft zij gedanst en saxofoon gespeeld; na haar dramaopleiding aan Denison University verscheen zij in verschillende theaterproducties en tv-series. Kort daarna kreeg zij haar eerste bescheiden filmrollen; onder andere in
Woody Allen's
Deconstructing Harry.
Haar doorbraak kwam met haar rol in
Dude, Where's My Car; hierin speelde zij
Ashton Kutcher's vriendinnetje. Vervolgens verscheen zij in kaskraker
Pearl Harbor, als zuster Sandra. In deze film werkte zij samen met haar toekomstige echtgenoot
Ben Affleck.
Garner maakte veel naam door haar rol in tv-serie "Alias"; al na een half seizoen won zij de award 'voor beste actrice in een tv-serie - drama'.